MRIcroNとMangoの標準脳テンプレート

MRIcroNとMangoは2つとも脳機能イメージングデータを視覚化するフリーウェアで、私は最近ALE(activation likelihood estimation)を用いたメタ分析の結果表示に使っていた。のだが、標準脳のテンプレートの選択に気を付けなければいけないことに最近気がついた。
ラボで標準で使われてたのがch2better2.gz.niiというやつなんだが、
Mango→coronal viewで右上の方にずれる。
MRIcroN→だいたいよい
なのである。Mangoはmultisliceを大量に、かつ縦横の行列の数を指定して作れるので気に入っていたのだが、標準のcolin1.1.niiというやつじゃないと正確な位置が表示されないっぽい(ちゃんと適切な原点を設定するなどしたら、他のテンプレでもいけるのだろうが)。しかしcolin1.1.niiはコントラストが良くなくて、脳の溝や灰白質と白質の境界など、ちょっとぼやけた感じになってしまう。

なので今は仕方なくMRIcroNを使い続けてます。このmultisliceは24までしか表示できなくて、かつ一列横に並んだ画像で出力されるので、pptに貼る時など、行列上に並び直すようにペイントで作りなおさないといけなくて、ちょっと使い勝手が悪い。まあ論文の時にはmultisliceを大量に図にするってことはなくて、選び抜くはずだから別に良いけども。

今までそんなmisalignmentに気づかず使っていたというのがショッキングではあります。


MRIcろNtoMango

英文の書き方(The Elements of Style)

The Elements of Styleはpuctuationを含めた正しくかつ明確な英文の書き方の参考書として20世紀初めにWilliam Strunk教授により書かれた。(当初は内輪用for in-house useだったらしい)
その内容解説サイトが日本語であった。スタイルで迷ったとき見よう。
The Elements of Style (Japanese translation)
by Hisashi Morita

How to use a colon and semicolon

どちらも完全な文章のあとに来る。
colon→リストの例示、定義や内容の説明など
I need to pick up a couple of stuffs at the grocery store: bananas, bread, and juice. The jury made its decision: the defendant was guilty.

semicolon→完全な文章と完全な文章をつなぐ。基本ピリオドで代用できるが、セミコロンを使うと意味のつながりがあることを強調できる。

My gratitudes goes to Drs Simon Hirbert; Joseph Thompsons; and Catherine Adolphs.

How to use a colon and semicolon(English)

コロンとセミコロンの使い方(日本語)


Statistics and Truth

「統計学とは何か 偶然性を活かす(原題Statistics and Truth - Putting chance to work)」を図書館で借りて読んだ。
統計学の考え方と発展を分かりやすく解説していて読みやすい。統計学はartでもあるということだが、ここでいうartは人間の技能、直感がモノを言う領域ということらしい(訳者注より)。芸術と訳されていたので最初は得心がいかなかった。技術と訳してしまったほうがすっきりするような気がする。

特に関心を引くのはデータの尋問(cross examination of data)というところ。有名なメンデルの実験やイギリスの教育心理学者バートの研究の例など、データのランダムネスの解析からそのデータとしての信憑性に疑義があることが証明された例を挙げている。実験計画法の父であるフィッシャーの影響か、実験・調査の計画段階における統計学者の役割も強調しており、データを集めたあとで統計学者に意見を求めることは、人が死んだあとで法定解剖医に死亡原因を聞くようなものだと述べていた。

弘法も筆の誤りというべきか、引いているデータに間違いがあるらしい(とある在米(経済?)研究者のサイトより)。左利きが右利きに比べ平均で9年寿命が短いというところだが、確かに言われてみるとこれはありそうにない。

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