MRIcroNとMangoの標準脳テンプレート

MRIcroNとMangoは2つとも脳機能イメージングデータを視覚化するフリーウェアで、私は最近ALE(activation likelihood estimation)を用いたメタ分析の結果表示に使っていた。のだが、標準脳のテンプレートの選択に気を付けなければいけないことに最近気がついた。
ラボで標準で使われてたのがch2better2.gz.niiというやつなんだが、
Mango→coronal viewで右上の方にずれる。
MRIcroN→だいたいよい
なのである。Mangoはmultisliceを大量に、かつ縦横の行列の数を指定して作れるので気に入っていたのだが、標準のcolin1.1.niiというやつじゃないと正確な位置が表示されないっぽい(ちゃんと適切な原点を設定するなどしたら、他のテンプレでもいけるのだろうが)。しかしcolin1.1.niiはコントラストが良くなくて、脳の溝や灰白質と白質の境界など、ちょっとぼやけた感じになってしまう。

なので今は仕方なくMRIcroNを使い続けてます。このmultisliceは24までしか表示できなくて、かつ一列横に並んだ画像で出力されるので、pptに貼る時など、行列上に並び直すようにペイントで作りなおさないといけなくて、ちょっと使い勝手が悪い。まあ論文の時にはmultisliceを大量に図にするってことはなくて、選び抜くはずだから別に良いけども。

今までそんなmisalignmentに気づかず使っていたというのがショッキングではあります。


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